Teologická fakulta Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích zřizuje pro období od 1. 1. 2014 do 31. 12. 2016 tato výzkumná centra: Centrum ekumenické teologie; Centrum pro studium poststředověké scholastiky; Centrum filozofie pro děti; Centrum církevních dějin a dějin teologie; Centrum diakonické teologie.
Tyto centra sdružují excelentní odborníky z dané oblasti, kteří realizují vědeckou a výzkumnou činnost. Obvykle řeší minimálně jeden výzkumný projekt za rok a publikují v prestižních vědeckých periodicích nejen v České republice, ale i v zahraničí.
Vědecká centra byla zřízena Opatřením děkana číslo: 216/2013 ze dne 31. 12. 2013 „O koncepci rozvoje vědecké a výzkumné činnosti na TF JU“.